Η έκθεση του μουσείου έχει τίτλο «Ο φυσικός κόσμος στη λατρεία της Εκκλησίας». Η σημαντική θέση του φυσικού κόσμου στη λατρευτική ζωή της Ορθόδοξης Εκκλησίας είναι το θέμα που παρουσιάζεται μέσα από τα αντικείμενα της συλλογής. Πώς δηλαδή τα υλικά στοιχεία «μετουσιώνονται» και συμμετέχουν στη θεία λατρεία, ενώ παράλληλα «δανείζουν» την εξιδανικευμένη μορφή τους για τη διακόσμηση των λειτουργικών αντικειμένων.

Η περιήγηση στην έκθεση είναι βιωματική, περιλαμβάνει πολυαισθητηριακές προθήκες και πλήρη οδηγό περιήγησης για άτομα με μειωμένη όραση και τυφλούς. Ο επισκέπτης χρησιμοποιεί την ακοή, την όσφρηση και την αφή, καθώς διάσπαρτα σε όλες τις αίθουσες υπάρχουν tablet με ακουστικά, συρτάρια ανακάλυψης και τράπεζα όσφρησης, αλλά και ιδιαίτερα για τα τυφλά άτομα απτικά διαγράμματα και επεξηγηματικά κείμενα σε γραφή Braille, συνδεδεμένα με ανάγλυφη ταινία.